В дальнейшем Попова издала распоряжение о сдаче причальных сооружений порта, не переданных в уставный капитал ЗАО, ему в аренду по заведомо не выгодной для госпредприятия стоимости 3,2 млн. рублей (против 7-11 млн. – по независимым экспертным оценкам). При этом Поповой были проигнорированы возражения госпредприятия против заключения договора, ущемляющего его экономические интересы, что повлекло срыв инвестиционного бизнес-плана развития и последующее банкротство госпредприятия (интересы которого, являясь представителем министерства, т.е. учредителя, она обязана защищать и поддерживать).
Кроме того, в 2007 году в нарушение действующего законодательства Попова самостоятельно, без согласия Правительства Астраханской области, издала распоряжения, на основании которых осуществлена реализация принадлежащих ГП АО «АМРП» портального крана и дизельного погрузчика посредством оформления договора купли-продажи без проведения аукциона и перечисления части от суммы сделки в бюджет.
В ходе проведенного в квартире Поповой обыска были обнаружены и изъяты рыба осетровых пород, добытая преступным путем, и икра рыб осетровых пород, приготовленная кустарным способом.
Уголовное дело направлено прокурору для утверждения обвинительного заключения.
В связи с тем, что в результате выведения всех активов ГП АО «АМРП» в кратчайшие сроки была обеспечена финансовая стабильность коммерческой организации в ущерб государственному предприятию, следствием выдвинута версия о рейдерском захвате госпредприятия. Уголовное дело по признакам состава преступления, предусмотренного ст.196 УК РФ (преднамеренное банкротство), выделено и находится в производстве отдела по расследованию особо важных дел.